Αφού μοίρασε ένα μεγάλο μέρος από τα υπάρχοντά του στους φτωχούς συμπολίτες του, αναχώρησε για το Νύμφαιο. Εκεί στην στρατιωτική έδρα της εξόριστης αυτοκρατορίας, συνάντησε έναν συγγενή του που ήταν ιερέας στα βασιλικά ανάκτορα, ο οποίος τον φιλοξένησε και έγινε η αιτία να γνωρίσει ο νεαρός τότε Ιωάννης τον αυτοκράτορα της Νίκαιας. Ο δυναμισμός του χαρακτήρα του, καθώς και οι στρατιωτικές αρετές του, δεν άργησαν να εγείρουν το ενδιαφέρον του βασιλιά Θεόδωρου, ο οποίος μετά από λίγα χρόνια του έδωσε το αξίωμα του Πρωτοβεστιαρίου. Η εύνοια του αυτοκράτορα προς το πρόσωπο του Ιωάννη δεν σταμάτησε μόνο στα αξιώματα, καθώς στη συνέχεια τον έκανε γαμπρό του δίδοντάς του για γυναίκα του την πριγκίπισσα Ειρήνη, που ήταν η μεγαλύτερη του κόρη. Με το γάμο αυτό στην ουσία ο Θεόδωρος Λάσκαρης προετοίμασε τον Ιωάννη για να τον διαδεχθεί στο θρόνο της Νίκαιας, αγνοώντας τους δύο αδελφούς του οι οποίοι εποφθαλμιούσαν την διαδοχή.
Το 1222 απεβίωσε ο Θεόδωρος Α΄ Λάσκαρης και στέφθηκε αυτοκράτορας ο Ιωάννης Γ΄ Δούκας Βατάτζης, από τον πατριάρχη Μανουήλ Α΄ Σαραντινό (1215-1222). Κύριος σκοπός του Ιωάννη ήταν η ανακατάληψη της βασιλεύουσας και η ανασύσταση της Ρωμανίας/Βυζαντινής αυτοκρατορίας.
Από το 1224 έως 1252 πολέμησε με τους Φράγκους, τους Τούρκους, τους Βουλγάρους (με τους οποίους είχε συμμαχήσει για ένα διάστημα) αλλά και με τους ομοεθνείς Δεσπότες της Ηπείρου. Επίσης δημιούργησε αξιόλογες συμμαχίες με κορυφαία την συμμαχία με το Γερμανό αυτοκράτορα Φρειδερίκο Β΄ Χοενστάουφεν. Επιγραμματικά οι στρατιωτικές επιτυχίες του Ιωάννη Βατάτζη είναι οι εξής : στα βορειοδυτικά του σύνορα πολέμησε με τους Φράγκους της Κωνσταντινούπολης τους οποίους νίκησε και τους περιόρισε από τα πρώτα χρόνια της βασιλείας του στα παράλια απέναντι από τη Βασιλεύουσα και τη Νικομήδεια. Στην ανατολική πλευρά, αντιμετώπισε την επίθεση των Τούρκων και ενεπλάκη σε πολεμικές συγκρούσεις μαζί τους από το 1225 έως το 1231, κατορθώνοντας να τους νικήσει και να αυξήσει τα σύνορα του κράτους του στη Μικρά Ασία.
Στα ευρωπαϊκά εδάφη εξεδίωξε τους Βουλγάρους από την Θράκη και τη Μακεδονία και τους περιόρισε βορείως του ποταμού Έβρου. Το δεσποτάτο της Ηπείρου το προσάρτησε στην αυτοκρατορία του εκμεταλλευόμενος τα στρατηγικά λάθη των ηγετών του, αλλά και την απήχηση που είχε το όνομα του στους Έλληνες της Δύσης. Ελευθέρωσε πολλά νησιά του Αιγαίου, δεν μπόρεσε όμως να προσαρτήσει και την Κρήτη, παρά την αρχική επιτυχία του. Το ότι δεν κατάφερε να ελευθερώσει την Βασιλεύουσα που ήταν ο κύριος στόχος του, οφείλετε στα πολλά μέτωπα που αναγκάστηκε να πολεμήσει, αλλά και στην συνεχή στήριξη του Φράγκου βασιλιά της Κωνσταντινούπολης από τους Βενετούς και τον πάπα. Επίσης αρκετός αριθμός στρατιωτικών δυνάμεων της Νίκαιας παρέμενε στα νοτιοανατολικά σύνορα λόγω της απειλής των Τούρκων και των Μογγόλων.
Γεγονός παραδεκτό και αδιαμφισβήτητο από όλους τους ιστορικούς είναι ότι, ο Ιωάννης Βατάτζης ήταν αυτός που προετοίμασε την επανασύσταση της Ρωμανίας/Βυζαντινής Αυτοκρατορίας και την απελευθέρωση της Κωνσταντινούπολης, η οποία επιτεύχθηκε επτά χρόνια μετά το θάνατό του. Σχετικά ο μέγας βυζαντινολόγος Γκιόργκ Οστρογκόρσκι (1903-1976) στο έργο του ¨Η Ιστορία του Βυζαντινού Κράτους¨ αναφέρει : ¨Πάντως ο Ιωάννης Βατάτζης είχε δημιουργήσει όλες τις προϋποθέσεις για το θρίαμβο αυτό και σ΄ αυτόν προ παντός ανήκει η τιμή για την αποκατάσταση της Βυζαντινής αυτοκρατορίας¨.
Ο Ιωάννης όμως δεν έμεινε στην ιστορία, αλλά και στην συνείδηση του λαού, λόγω των στρατιωτικών επιτυχιών του. Ο λόγος που αγιοκατατάχθηκε μετά το θάνατό του αλλά και το προσωνύμιο ¨πατέρας των Ελλήνων¨ που του δόθηκε από τους υπηκόους του, ήταν αποτέλεσμα της φιλολαϊκής πολιτικής του η οποία ήταν παροιμιώδης σε σημείο που ο Θεόδωρος Σκουταριώτης μητροπολίτης Κυζίκου (13ος αι.) να τον εγκωμιάζει αναφέροντας τα εξής : ¨Ο Βατάτζης κατά τε την περί τα θεία ευλάβειαν και την περί τους υπηκόους κηδεμονίαν είχε τα πρωτία ως προς τους προ αυτού βασιλεύσαντας¨.
Ο Θρακιώτης βασιλεύς υπήρξε προστάτης και συμπαραστάτης του λαού, επιδιώκοντας διαρκώς την άνοδο του βιοτικού του επιπέδου. Για να το καταφέρει αυτό συγκρούστηκε με τους άρχοντες – μεγαλογαιοκτήμονες (δυνατούς) από τους οποίους επίταξε τεμάχια γης και τα διένειμε στους ακτήμονες υπηκόους του. Παράλληλα πάταξε και την ασυδοσία ορισμένων τοπαρχών οι οποίοι προέβαιναν στον σφετερισμό κτημάτων και περιουσιών από τον λαό. Η φιλολαϊκή πολιτική του Βατάτζη δεν περιορίστηκε μόνο στην άνοδο της γεωργίας, τα νομοθετικά του διατάγματα έδωσαν ώθηση και βοήθησαν στην άμεση ανάπτυξη της κτηνοτροφίας, πτηνοτροφίας και της υφαντουργίας.
Αποτέλεσμα αυτών των ενεργειών του, ήταν να εξασφαλίσει σε όλους τους υπηκόους του εργασία, και βεβαίως να βελτιώσει θεαματικά μέσα σε μικρό χρονικό διάστημα τα οικονομικά του κράτους του. Έτσι δημιούργησε μία αυτάρκη οικονομία μειώνοντας στο ελάχιστο τις περιττές δαπάνες καθώς και την φορολογία των πολιτών. Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτελούσε ο ίδιος, ο οποίος δεν πληρωνόταν από το δημόσιο ταμείο αλλά όπως αναφέρει ο Νικηφόρος Γρηγοράς (1295-1360) στο έργο του ¨Ρωμαϊκή Ιστορία¨ ο ίδιος ο βασιλιάς καλλιεργούσε τη γη του για να καλύψει τις ανάγκες του.
Επίσης ευνόησε την παιδεία, διασώζοντας πάρα πολλά κείμενα και ιδρύοντας σχολές και βιβλιοθήκες. Ειδικότερα για την σημαντική του προσφορά στην ανάπτυξη και διάσωση της παιδείας ο δρ του Πανεπιστημίου της Βιέννης Χέρμπερτ Χούνγκερ (1914-2000) αναφέρει : ¨Ο πνευματικός θησαυρός που μεταφέρθηκε, διασώθηκε και καλλιεργήθηκε στη Νίκαια επί των ημερών του Ιωάννη Βατάτζη, συνετέλεσε τα μέγιστα στην πνευματική αναγέννηση κατά την εποχή των Παλαιολόγων, η οποία ακολούθησε τα επόμενα χρόνια¨.
Στον κοινωνικό τομέα υπήρξε εξόχως ευεργετικός, έχτισε νοσοκομεία και ευαγή ιδρύματα, στήριξε την επιστημονική μελέτη της ιατρικής και φαρμακευτικής και γενικώς εξασφάλισε στο λαό του παροχές και φροντίδες υψηλού επιπέδου.
Επίσης μεγάλο μέρος των ευεργεσιών του Διδυμοτειχίτη βασιλιά, εστιάστηκε στην ανέγερση και ανοικοδόμηση ναών και μοναστηριών. Αποτέλεσμα αυτών των ενεργειών ήταν να διασωθούν και να ωφεληθούν τα μοναστήρια όχι μόνο της Μικράς Ασίας και των άλλων περιοχών που απελευθέρωσε, αλλά ακόμη και τα μοναστικά ιδρύματα που βρισκόταν σε φραγκοκρατούμενες περιοχές. Στην περιοχή της Μαγνησίας στη Μικρά Ασία, επανίδρυσε μονή την οποία ονόμασε Σώσανδρα και την αφιέρωσε στον Σωτήρα Χριστό, επίσης στη Νίκαια ανέγειρε ναό στη μνήμη του Μεγάλου Αντωνίου. Η δε βασίλισσα Ειρήνη κατασκεύασε τον κεντρικό ναό της μητρόπολης των Προυσαίων κοντά στο όρος Όλυμπος και τον αφιέρωσε στον Τίμιο Πρόδρομο.
Σε διπλωματικό και εκκλησιαστικό επίπεδο ο Ιωάννης Βατάτζης, ενεπλάκη σε συνομιλίες με τον πάπα και τους παπικούς απεσταλμένους με πρόσχημα τη γεφύρωση των διαφορών μεταξύ ανατολής και δύσης. Στην ουσία ο Ιωάννης μέσω αυτών των συζητήσεων κατάφερνε να αποπροσανατολίζει τον πάπα, με βαθύτερο στόχο να μην ενισχύει στρατιωτικά και οικονομικά τους Φράγκους της Κωνσταντινούπολης. Από την ανταλλαγή επιστολών μεταξύ Νίκαιας και Ρώμης, διεσώθη η επιστολή απάντηση του Διδυμοτειχίτη βασιλιά προς τον πάπα, πρόκειται για ένα περίφημο κείμενο ρωμαίικης αυτοσυνειδησίας και λεβεντιάς από το οποίο θα παραθέσουμε ένα μικρό μέρος :
«Μας γράφεις ότι από το δικό μας, το Ελληνικό γένος, άνθησε η σοφία και τα αγαθά της και διαδόθηκε στους άλλους λαούς. Αυτό σωστά το γράφεις. Πως όμως αγνόησες ή και αν υποτεθεί ότι δεν το αγνόησες, πως ξέχασες να γράψεις ότι, μαζί με τη σοφία, το γένος μας κληρονόμησε από τον Μέγα Κωνσταντίνο και τη βασιλεία ; Ποιος αγνοεί ότι τα κληρονομικά δικαιώματα της διαδοχής πέρασαν από εκείνον στο δικό μας γένος και ότι εμείς είμαστε οι νόμιμοι κληρονόμοι και διάδοχοι ;».
«Οι γενάρχες της βασιλείας μου, είναι από το γένος των Δουκών και των Κομνηνών, για να μην αναφέρω εδώ και όλους τους άλλους βασιλείς που είχαν ελληνική καταγωγή και για πολλές εκατοντάδες χρόνια κατείχαν την βασιλική εξουσία της Κωνσταντινούπολης».
«Εάν όμως εννοείς την Κωνσταντινούπολη, καθιστούμε γνωστό και στην αγιότητά σου και σε όλους τους χριστιανούς ότι ποτέ δε θα πάψουμε να δίνουμε μάχες και να πολεμούμε αυτούς που την κατέκτησαν και την κατέχουν, γιατί αλήθεια, πως δε θα διαπράτταμε αδικία απέναντί στους νόμους της φύσης, και στους θεσμούς της πατρίδας μας, και στους τάφους των προγόνων μας, και στα θεία και ιερά τεμένη, αν δεν πολεμήσουμε γι΄ αυτά με όλη τη δύναμή μας».
Στης 4 Νοεμβρίου του 1254 ο ελεήμων βασιλεύς ¨παρέδωκεν εν ειρήνη την ψυχήν του εις χείρας θεού¨ στο αγαπημένο του Νύμφαιο. Ο Ιωάννης τα τελευταία χρόνια της ζωής του προσβλήθηκε από φρενίτιδα ή επιληψία, ασθένεια η οποία τον ταλαιπώρησε και αποτέλεσε την αιτία του θανάτου του. Το τίμιο σώμα του ελεήμονα βασιλιά ενταφιάστηκε στη μονή Σωσάνδρων της οποίας υπήρξε κτήτορας, ενώ αργότερα δια θαυμαστής αποκαλύψεως ο ίδιος ο Ιωάννης, ζήτησε να μετακομισθεί το λείψανό του στην πόλη της Μαγνησίας.
Όταν όμως πήγαν να ανοίξουν τον τάφο για να εκτελέσουν την ανακομιδή, αντί να βγει η γνωστή δυσωδία, μια γλυκιά ευωδία απλώθηκε τριγύρω, σαν να είχε ανθίσει απότομα κήπος αρωματικός. Αλλά δεν ήταν μονάχα αυτό. Ο κεκοιμημένος φαινόταν σαν να κάθεται επί του βασιλικού θρόνου, χωρίς να έχει καμιά μελανότητα, καμιά δυσωδία, κανένα απολύτως σημείο που να φανέρωνε πως ήταν νεκρός. Επτά χρόνια ήταν μέσα στον τάφο και το χρώμα του σώματος του ήταν όπως κάθε φυσιολογικού εν ζωή ανθρώπου.
Έμοιαζε πραγματικά σαν ένας ολοζώντανος, αλλά ¨ΜΑΡΜΑΡΩΜΕΝΟΣ ΒΑΣΙΛΙΑΣ¨ μάλιστα και αυτά ακόμη τα ρούχα του είχαν διατηρηθεί επί επτά χρόνια αδιάφθορα και έμοιαζαν σαν να είχαν μόλις ραφτεί. Έτσι αντιδοξάζει ο Θεός εκείνους που Τον δοξάζουν στη γη. Μάλιστα από τότε το τίμιο λείψανο του Αγίου βασιλέως Ιωάννη Βατάτζη του ελεήμονος, επιτέλεσε πάμπολλα θαύματα, γιατρεύοντας θαυματουργικά Χάρητι Θεού ασθένειες, διώκοντας δαίμονες και θεραπεύοντας ένα σωρό πάθη, με την κατοικούσα εν αυτώ Χάρη του Αγίου Πνεύματος.
Ο Γεώργιος Παχυμέρης (1242-1310) εξιστορεί ότι, κατά τις επιδρομές των Τούρκων στη Μαγνησία, επί βασιλείας του Ανδρόνικου Β΄ Παλαιολόγου (1282-1328), ο καστροφύλακας που είχε ορισθεί να αναχαιτίσει τις επιθέσεις των Τούρκων, παρατήρησε πολλές φορές μία αναμμένη λαμπάδα να περιφέρεται στα τείχη. Αφού διαπίστωσε ότι δεν ήταν ένα τυχαίο περιστατικό, έστειλε ανθρώπους να δούνε από κοντά τι συμβαίνει. Παρόλο που εστάλησαν πολλοί δεν κατάφεραν να διαφωτίσουν την κατάσταση.
Σαν τελευταία απέλπιδα λύση για να εξιχνιάσουν το γεγονός εστάλη ο κωφάλαλος εκ γεννηθείς αδελφός του καστροφύλακα. Παραδόξως σε αυτόν τον άνθρωπο έγινε η αποκάλυψη του θαυμαστού γεγονότος. Και όχι μόνο αυτό αλλά αν και εκ γεννηθείς κωφάλαλος, επιστρέφοντας στους υπολοίπους διηγήθηκε ότι στο μέρος εκείνο που φαινόταν το φως βρήκε άντρα μεγαλοπρεπή με βασιλικό παράστημα ο οποίος προέτρεπε μεγαλοφώνως να συνεχίσουν την άμυνα της πόλης, η μορφή αυτή αναγνωρίσθηκε ότι ήταν ο Άγιος Ιωάννης Βατάτζης ο Ελεήμων. Το γεγονός αυτό έγινε η αιτία να αναγνωρισθεί εκείνη την εποχή από όλους τους κατοίκους της Βιθυνίας ο Ιωάννης ως Άγιος.
Ο Γεώργιος Πελαγονίας (14ος αι.) στο βίο που συνέγραψε για τον άγιο βασιλιά, αναφέρει : «Όταν, πολύ αργότερα, η πόλη της Μαγνησίας και η ακρόπολή της έπεσαν στα χέρια των Τούρκων (1313), η λάρνακα με το λείψανο του αγίου, που είχε μεταφερθεί στην πόλη, ρίχτηκε κάτω από την ακρόπολη. Ένας νεαρός Τούρκος, που έτυχε να βρει τη λάρνακα, νόμισε ότι πρόκειται για ένα κιβώτιο που περιείχε νομίσματα. Αυτός ο νεαρός ήταν ημιπληγικός και υπέφερε πάρα πολύ από την ασθένεια.
Δεν μπορούσε να κινήσει το ένα χέρι, το ένα πόδι και είχε πρόβλημα στο σαγόνι και το ένα μάτι. Προσπάθησε, λοιπόν, να ανοίξει μια τρύπα στη λάρνακα, για να βάλει το χέρι του μέσα και να ανασύρει τα νομίσματα. Μόλις όμως έβαλε το χέρι μέσα στη λάρνακα και άγγιξε το σώμα του αγίου, αμέσως τα προβληματικά άκρα του και το σαγόνι του θεραπεύτηκαν. Μόλις πληροφορήθηκε ποιού ήταν το σώμα, μεταστράφηκε και έγινε χριστιανός. Μια ευσεβής χριστιανή γυναίκα, μαθαίνοντας το γεγονός, πήρε κρυφά τη λάρνακα και την τοποθέτησε στο σπίτι της. Εκεί αργότερα χτίστηκε ναός, όπου προσέτρεχαν οι πιστοί για να λάβουν θεραπείες σε ποικίλα νοσήματα, προσκυνώντας το λείψανο του αγίου».
Σύμφωνα με τα έως τώρα παρατιθέμενα στοιχεία βλέπουμε ότι ο Ιωάννης Βατάτζης θεωρούνταν από το λαό ως μια αγία μορφή πολύ πριν την κοίμησή του. Το θαυμαστό γεγονός βεβαίως της μετακομιδής του λειψάνου του, η αφθαρσία και ευωδία που το συνόδευαν καθώς και τα θαύματα που προαναφέραμε, ήταν υπέρ αρκετά ώστε να αναγνωριστεί ως ένας άγιος της εκκλησίας μας. Παράλληλα με τον βυζαντινό βίο που συνέγραψε ο Γεώργιος Πελαγονίας συνεγράφη και η ακολουθία του αγίου στα μέσα του 15ου αιώνα της οποίας αντίγραφο υπάρχει στη μονή Λειμώνος της Λέσβου. Στην αρχή της υπόψη ακολουθίας ο άγνωστος υμνογράφος τονίζει ότι ο Βατάτζης υπήρξε «Θεία Επιλογή».
Τα επόμενα χρόνια κατά τα οποία το γένος τελούσε υπό Οθωμανικό ζυγό η μνήμη του αγίου δεν ξεχάστηκε. Ο Άγιος Νικόδημος ο Αγιορείτης (1749-1809) συνέγραψε Ασματική ακολουθία, καθώς τον συμπεριέλαβε και στον συναξαριστή των δώδεκα μηνών που συνέταξε ο ίδιος. Την ακολουθία του Αγίου Βασιλιά εξέδωσε το 1872 ο Σεβασμιότατος Εφέσου Αγαθάγγελος (19ος αι.), που καταγόταν από την Μαγνησία. Στην έκδοση αυτή συμπεριέλαβε εκτός από τη βιογραφία του Βατάτζη, που συνέγραψε ο Άγιος Νικόδημος, και μία άλλη βιογραφία πιο εκτενή ενός ανωνύμου συγγραφέα.
Ο Α.Α. Βασίλιεφ (1867-1953) στο έργο του ¨Ιστορία της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας¨ το οποίο πρωτοκυκλοφόρησε το 1917, προς το τέλος του κεφαλαίου για τον Ιωάννη Βατάτζη, σχολιάζοντας με θαυμασμό για τη φήμη που είχε αποκτήσει το όνομα του ελεήμονα βασιλιά, αναφέρει τα εξής : «Είναι ενδιαφέρον το γεγονός ότι το όνομα του Ιωάννη Βατάτζη ήταν τόσο αγαπητό και σεβαστό, από τον Ελληνικό λαό ώστε λίγο μετά το θάνατό του, ο Ιωάννης έγινε ένας Άγιος της λαϊκής παράδοσης.
Θαύματα άρχισαν να συνδέονται με τη μνήμη του, ενώ συγχρόνως συντάχθηκε ¨ο Βίος του Αγίου Ιωάννου του Ελεήμονος¨. Η μνήμη του Ιωάννη Βατάτζη δεν έχει αναγνωρισθεί επισήμως από την Ελληνική Εκκλησία (αυτό ίσχυε κατά την εποχή του Βασίλιεφ) και η ακολουθία του έχει περιορισθεί στα στενά όρια της Μαγνησίας, μιας πόλης της Μικράς Ασίας, όπου ενταφιάστηκε ο Αυτοκράτορας. Ακόμα και τώρα ο κλήρος και ο λαός της Μαγνησίας και των περιχώρων της συγκεντρώνεται κάθε τέσσερις Νοεμβρίου στην τοπική εκκλησία για να τιμήσουν τη μνήμη του Αυτοκράτορα Ιωάννη του Ελεήμονα. Το ορθόδοξο ημερολόγιο αναφέρει, στις 4 Νοεμβρίου το όνομα του Ιωάννου Δούκα Βατάτζη».
Στη Μαγνησία της Μικράς Ασίας στο Ναό του Αγίου Αθανασίου βρισκόταν το άφθαρτο σκήνωµα του ελεήμονα βασιλιά, όπου όλος ο λαός της περιοχής το προσκυνούσε και λάβαινε ευλογία. Μια πολύ ωραία περιγραφή του υπόψη ναού (στις αρχές του 20ου αιώνα) μας δίδει, στο υπέροχο ιστορικό του μυθιστόρημα «Μέρες αποκάλυψης στην Ιωνία» ο Μικρασιάτης Γεώργιος Παπαθανασόπουλος, ο οποίος γράφει τα εξής : «Σ΄ αυτόν (στον ναό του Αγίου Αθανασίου) φυλάσσονταν οι μνήμες των μεγάλων φυσιογνωμιών της ιστορίας της Ρωμηοσύνης, που ήταν συνδεδεμένες με τη Μαγνησία : Ήταν τρισυπόστατος και στο δεξιό κλίτος τιμάτο η μνήμη του βασιλιά της Νίκαιας, Αγίου Ιωάννη Βατάτζη και στο αριστερό του πατριώτη των Μαγνησαλήδων, Αγίου ιερομάρτυρα Χαραλάμπους».
Βλέπουμε ότι ο άγιος Ιωάννης τιμόταν ως τοπικός άγιος στα μέρη της Μικράς Ασίας και ειδικότερα στη Μαγνησία και το Νύμφαιο (όπου ήταν η αγαπημένη του κατοικία και ο τόπος όπου εκοιμήθη). Ειδικά για το Νύμφαιο έχουμε τη μαρτυρία του πατρός Αγαπίου Δρίτσα, του οποίου οι πρόγονοι καταγόταν από την περιοχή : «Νηφιώτες πού πήγαν τον Ιούλιο του 1954 να επισκεφθούν την παλαιά τους πατρίδα και ανέβησαν στον λόφο του Άη-Γιάννη (όπου υπήρχε μια τεχνητή σπηλιά σκαλισμένη στο βράχο την οποία αποκαλούσαν οι ντόπιοι ¨τρύπα του Άη Γιάννη¨ δηλ. το εξωκλήσι του αγίου), βρήκαν την ''τρύπα'' φρεσκοασπρισμένη και το καντήλι αναμμένο πάνω στο πεζούλι, καθώς και υπολείμματα κεριών, τα οποία προσφάτως είχαν αναφθεί. Οι γυναίκες του χωριού, τούς είπαν πώς σαν αρρωσταίνουν τα παιδιά τους δεν τα πάνε σε γιατρό, τ’ ακουμπάμε, είπαν, πάνω στο πεζούλι (της Τρύπας τ’ Άη-Γιάννη του Βατάτζη) και γίνονται καλά»!!!
Δυστυχώς μετά τα γεγονότα της καταστροφής του 1922 δεν γνωρίζουμε τι απέγινε το άφθαρτο σκήνωμα του ελεήμονα και ιαματικού βασιλιά και από τότε έως σήμερα το πρόσωπο του αγίου έχει συνδεθεί με θρύλους και παραδόσεις. Ο Αντώνιος Μηλιαράκης (1841-1905) αναφερόμενος στην ως ένα σημείο μυθική απήχηση που είχε το όνομα του ελεήμονα βασιλιά στο λαό του, παραθέτει τα εξής : ¨Η υπέρ του Βατάτζη μεγαληγορία των συγχρόνων και μεταγενεστέρων ανεύρεν έτι και εις χρησμούς παλαιοτέρους γεγραμμένους υπό Λέοντος του Σοφού προφητείας υποδηλούσας την έλευσιν του, εις ας η δεισιδαιμονία των χρόνων απέδιδε πίστιν¨. (...)